Ogni Pubblica amministrazione deve trasmettere a PagoPA SpA la propria adesione al sistema PagoPA, comunicando contestualmente un piano di attivazione che individui in dettaglio le attività da compiere per l'attivazione dei servizi e i tempi di realizzazione secondo la tempistica prevista.

Per facilitare il processo di adesione e di attivazione dei servizi di pagamento, la Regione Puglia ha accolto l'invito fatto a suo tempo dall'AgiD e si propone nei confronti delle Pubbliche Amministrazioni pugliesi come "intermediario tecnologico", mettendo a loro disposizione il nodo regionale dei pagamenti elettronici e la piattaforma denominata MyPay e supportandolie nel processo di adesione al sistema nazionale e nelle fasi di avvio ed erogazione dei servizi.

Gli enti che decidono di aderire al nodo nazionale PagoPA attraverso il nodo regionale, utilizzano il sistema MyPay via web ed evitano, quindi, l'utilizzo di una propria infrastruttura informatica da interconnettere con il nodo nazionale.

Il coordinamento e la gestione del progetto sono stati affidati inizialmente dalla Regione Puglia alla propria società in-house InnovaPuglia S.p.A., mentre la gestione tecnica di MyPay è stata affidata inizialmente mediante ricorso all'Accordo quadro Consip SGI Lotto 3, al RTI costituito da Engineering Ingegneria Informatica SpA ed altri, che eroga anche i relativi servizi tecnici di supporto agli enti aderenti (CIG 7577079365 – CUP B39H180010200006).

I costi sono stati coperti inizialmente dal progetto Puglia Log In, approvato con Deliberazione di Giunta regionale n. 1921 del 30 novembre 2016 e dal progetto di innovazione del territorio "Realizzazione dei sistemi informatici per la gestione della fatturazione elettronica e dei pagamenti elettronici", affidato a InnovaPuglia S.p.A. con Atto dirigenziale del Servizio di ricerca Industriale e Innovazione  n. 636 del 19 dicembre 2014, come indicato nella Deliberazione di Giunta regionale n. 1880 del 2015, con scadenza prorogata al 31 marzo 2017.

I servizi erogati agli enti aderenti in froma gratuita sono poi rientrati nel progetto Puglia Digitale, approvato con Deliberazione di Giunta regionale n. 1871 del 14 ottobre 2019. Attualmente continuano ad essere erogati in forma gratuita ed il supporto è garantito da un partner esterno.